Загрузить PDF
Загрузить PDF
Количественный показатель сцепления генов, или логарифм оценки коэффициентов, является статистическим тестом и используется в анализе генетических связей. Количественный показатель сцепления генов сравнивает вероятность получения тестовых данных, если два фенотипа связаны или не связаны между собой. с вероятностью получения тестовых данных.
-
Представьте определенное генетическое расстояние между двумя генами (от 0 до 50 см). Например, представим генетическое расстояние (г) как 0,1.
-
Предположим, что у вас есть 13 человек, из которых 2 рекомбинантные. Вероятность нерекомбинации будет 1-r =1-0,1 =0,9
-
Так как вы хотите вычислить каждый генотип, разделите его на 2 (1-г) / 2 = 0,45. Вероятность рекомбинации будет г / 2 = 0.1 / 2 = 0,05.
- Вероятность данных, если два гена связаны, следующая: ((R / 2) + R) * (((1-R) / 2) = NR), где R — количество рекомбинантов и NR — количество нерекомбинантов. Так что вероятность данных, если эти два гена связаны, выглядит так: ((0.45) ^ 11) * ((. 05) ^ 2)
- Вероятность данных, если эти два гена не связаны, такова: (0.25) ^ (R NR) =(0.25) ^ 13
- Теперь перейдем к логарифму вероятностей (вероятность данных, если эти два гена связаны) / (вероятность данных, если эти два гена не связаны). Итак, логарифм вероятностей = (((0,05) ^ 2) * ((0.45) ^ 11)) / ((0,25) ^ 13)= 25,7
- Показатель будет составлять 10 (25,7) = 1,41.
-
Повторите этот процесс для г с использованием 0, 0,01, 0,03, 0,05, 0,3 и 0,5.
- Наибольшее значение показателя — это и будет ваш правильный ответ. Генетическое расстояние, предполагаемое вами, вероятно, близко к фактическому расстоянию между двумя рассматриваемыми генами.
Реклама
-
Создайте родословную для двух представляющих интерес фенотипов. Чем больше данных вы соберете, тем лучше.
-
Определите количество рекомбинантов и нерекомбинантов. Например, предположим, что аллели A1 и B1 одного фенотипа произошли от одного из родителей, а А2 и В2 второго фенотипа — от другого. Потомство, унаследовавшее A1B1 или A2B2, является нерекомбинантным, в то время как те, кто унаследовал A1B2 или A2B1, являются рекомбинантными.
-
Вычислите вероятность получения результатов при условии двух связанных фенотипов. Это делается с помощью формулы ((R /(R NR)) ^ R) * ((1-(R /(R NR))) ^ NR), где R = число рекомбинантов, NR = количество нерекомбинантов.
- Например, в системе групп крови MNS М и S связаны, и N с S связаны между собой. Предположим, что из 100 случайных людей 25 имеют MS-гаплотип, 30 — МS-гаплотип, 6 — NS-гаплотип и 39 — NS-гаплотип. Так как M и S связаны и N и S связаны, MS и Ns являются нерекомбинантными, а N и S являются рекомбинантными.
- Таким образом, число рекомбинантов = R = 30 + 6 =36, в то время как количество нерекомбинантов = NR = 25 + 39 = 64. Рекомбинантная частота R / (R + NR) = 36 / (36 + 64) = 0,36.
- Вероятность получения результатов двух связанных фенотипов: ((0,36) ^ 36) * ((1-(0.36)) ^ 64) = 4,19187538 * 10 ^ -29.
-
Вычислите вероятность получения результатов, при условии, что два фенотипа не связаны. Вычисляется это так: 0,5 ^ (NR+ R). В приведенном выше примере: 0,5 ^ (64 +36) = 0,5 ^ 100 =7.88860905 × 10 ^ -31.
-
Разделите вероятность получения результатов — предполагая, что два фенотипа связаны и не связаны (шаг 3 и шаг 4) — на вероятность получения результатов. В нашем примере это будет выглядеть так: 4,19187538 * 10 ^ -29 / 7,88860905 × 10 ^ -31 = 53,14.
-
Используйте десятичный логарифм полученного выше отношения (шаг 5). Например, log 53,14 = 1,73.Реклама
Советы
- Для интерпретации количественного показателя сцепления генов, имейте в виду, что количественный показатель сцепления генов более 3,0 считается доказательством связи. Количественный показатель сцепления генов 3 указывает на вероятность 1 к 1000 , что связь, наблюдаемая нами, не возникла случайно. С другой стороны, количественный показатель сцепления генов менее -2,0 считается доказательством исключения связи. В приведенном выше примере количественный показатель сцепления генов составляет +1,73, то есть связь предполагается, но не подтверждается. Большее количество точек данных повысит количественный показатель сцепления генов, если связь для анализа существует.
Реклама
Что вам понадобится
- Калькулятор
Реклама
